Der Ort Ebenfurth wurde erstmals 1160 urkundlich als „Ebenfurte“ erwähnt und war ein Lehen des Bistums Passau. Eine Furt, vermutlich im Schutz eines Turmes, markierte den Ort. Um 1250 befand sich diese Anlage im Lehensbesitz der Feldsberg/Seefelder. Nach dem Aussterben dieser Familie im Jahr 1269 ging Ebenfurth um 1270 in das Eigentum der Pottendorfer über. Chunrad von Pottendorf erhielt 1293 von Herzog Albrecht I die Erlaubnis, die beschädigte Burg wieder aufzubauen und zu erweitern.

Möglicherweise wurde die ursprüngliche Anlage von Schloss Ebenfurth bereits in der Schlacht an der Leitha 1246 oder während der Ungarnkämpfe schwer beschädigt. Chunrad von Pottendorf errichtete daraufhin eine kleine romanische Wasserburg, und die Pottendorfer verstärkten die Wehranlagen mehrfach, bevor ihre Linie gegen Ende des 15. Jahrhunderts ausstarb. In den Kämpfen zwischen Kaiser Friedrich III und dem ungarischen König Matthias Corvinus fiel Ebenfurth 1485 in die Hände des ungarischen Königs, der hier die Belagerung von Wiener Neustadt plante. Nach dem Tod von König Matthias 1490 blieb eine ungarische Besatzung in Ebenfurth, die erst durch kaiserliche Truppen vertrieben werden musste.

Nach dem Tod von Jörg, dem letzten Pottendorfer, wurde Ebenfurth landesfürstlich und als Festung gegen Türkeneinfälle ausgebaut. Der osmanische Vorstoß von 1529, der zur Belagerung von Wien führte, hinterließ an der Burg erhebliche Schäden. Die Herrschaft von Ebenfurth wurde nacheinander an Stephan von Zips, Heinrich Prüschenk, Graf von Hardegg (1495), Hans von Rappach und die Herren von Stamp verpfändet. Der kaiserliche Baumeister Hans Saphoy, dokumentiert ab 1571, war für den Ausbau von Schloss Ebenfurth verantwortlich. Im Jahr 1582 gelangte Ebenfurth zunächst als Pfand und später 1589 durch Kauf an die Familie Unverzagt. Zu Beginn des 17. Jahrhunderts wurde die hochmittelalterliche Burg in ein Renaissanceschloss umgestaltet. Die anschließende Barockisierung fand im ersten Drittel des 18. Jahrhunderts durch die Familie Unverzagt statt, nach dem Abzug des osmanischen Heeres. Bis heute sind die Fresken von Franz Anton Maulbertsch in Schloss Ebenfurth erhalten. Von 1747 bis weit ins 20. Jahrhundert waren Vertreter der Adelsfamilie Suttner langjährige Besitzer des Schlosses.

In den letzten Wochen des Zweiten Weltkrieges diente Schloss Ebenfurth vorübergehend als Auffangstelle für zehntausende Flüchtlinge. Unter der russischen Verwaltung von 1945 bis 1955 kam es zu erheblicher Verwahrlosung und schweren Schäden. Anschließend wurde das Schloss dem Verfall überlassen. Carl Suttner verkaufte 1973 das bereits stark ramponierte Schloss, das in der russischen Besatzungsperiode und durch Vandalenakte der ansässigen Bevölkerung in den 1950er und 60er Jahren verwüstet worden war (ohne den umliegenden Schlosspark), an Dr. Liebleitner, einen Arzt. Dieser sah sich mit dem Besitz des mächtigen, für private Wohnzwecke ungeeigneten Gebäudes überfordert. Das stark gefährdete Schloss schien vor einem Schicksal des vollständigen Verfalls zu stehen, ähnlich jenem von Schloss Pottendorf.

Seit dem Jahr 2000 setzt sich die neue Besitzerin, Psychotherapeutin Bärbel Langer, intensiv für die Erhaltung von Schloss Ebenfurth ein. Mit finanzieller Unterstützung des Landes Niederösterreich konnte eine umfassende Sanierung des Daches erfolgreich durchgeführt werden. Dennoch fehlen noch über 200 Fenster und Türen, um das Schloss in seinen ursprünglichen Glanz zurückzuführen.

Im Februar 2010 erhielt Schloss Ebenfurth neue Besitzer. Die serbische Folksängerin Dragana Mirković und ihr Mann Anton Bijelic kauften das Schloss und begannen mit einer vollständigen Sanierung und Restaurierung. Im Zuge der Restaurierungsarbeiten wurden im Jahr 2020 in der Befestigungsanlage 28 Grabsteine und Grabsteinfragmente aus dem 17. Jahrhundert entdeckt, die wertvolle Zeugnisse der jüdischen Gemeinde im Ort darstellen.

Im Jahr 2021 zog die Familie Mirkovic-Bijelic in das restaurierte Schloss ein. Heute ist das Schloss Ebenfurth im Privatbesitz der Familie und vollständig restauriert. Es dient außerdem als beliebter Veranstaltungsort für Hochzeiten, Firmenfeiern, Dorffeste (wie z. B. Christkindlmärkte, Feuerwehrfeste) sowie weitere private und öffentliche Events.